Bioinformatika pro výzkum exposomu

Tato core facilita nabízí integrovanou analýzu dat a služby v oblasti bioinformatiky, biostatistiky a identifikace biomarkerů následující po experimentální práci, a to v oblastech, jako jsou genomika, metabolomika, epigenomika či biomedicínské zobrazování.

Core facilita se věnuje analýze velkých dat (big data) z různých oblastí věd o živé přírodě. Máme rozsáhlé zkušenosti s analýzou dat z různých omicsových metod a bioimagingu. Core facilita se zaměřuje na aplikovanou analýzu dat a vývoj metod. Poskytujeme komplexní integrovaný data mining a statistickou analýzu dat z omicsových experimentů, včetně interpretace jejich výsledků. Dále nabízíme generování hypotéz založených na dostupných datech. Specializujeme se na detekci biomarkerů a tvorbu prediktivních, prognostických nebo diagnostických podpisů a klasifikátorů. Facilita také vyvíjí své vlastní portfolio metod a uživatelsky přizpůsobených datových pipeline sloužících pro řešení nestandardních analytických problémů.

Služby

Core facilita poskytuje následující služby:

Analýzy a služby

      • komplexní integrovaný data mining a statistickou analýzu dat z omicsových experimentů, včetně interpretace jejich výsledků;
      • detekci biomarkerů a tvorbu prediktivních, prognostických nebo diagnostických podpisů a klasifikátorů;
      • zpracování zdrojových dat (pre-procesing, normalizace…) z omicsových analýz ve vedoucí k jejich interpretaci z:
        • necílených LC-MS a GC-MS analýz (metabolomika, proteomika atp.),
        • genomických, transcriptomických, epigenomických experiment,
        • data z microarrays a NGS (Next generation sequencing),
        • data z metagenomických cílených i necílených analytických studií;
      • analýza obrazu a detekce histopatologických slides.

Konzultace

Ať už právě přemýšlíte o novém experimentu nebo již máte výsledná data, můžete se na nás obrátit se svými dotazy a vyhodnotit proveditelnost plánovaných analýz. V ideálním případě nás kontaktujte ve fázi návrhu experimentu tak, abychom mohli zajistit, že všechny relevantní informace a nezbytná data budou k dispozici pro zodpovězení vašich výzkumných otázek. Poskytujeme také konzultace týkající se analýzy dat a jejich metod.

Přístup

Přístup ke kapacitě core facility je možný pro akademické uživatele, výzkumníky i ostatní typy uživatelů, včetně zástupců komerční sféry a průmyslu. Uživatelé z akademické a výzkumné sféry mohou využít přístup prostřednictvím Open Access projektu. Průmysloví uživatelé mohou kontaktovat přímo RNDr. Petru Růžičkovou, Ph.D., která zodpoví otázky týkající se dostupných kapacit, expertíz a dalších podmínek spolupráce.

Kontakt

Pro více informací kontaktujte:

Mgr. Eva Budinská, Ph.D.

Vedoucí core facility

telefon: 549 49 3993
e‑mail:

Mgr. Eva Budinská, Ph.D.

Vedoucí core facility

telefon: 549 49 3993
e‑mail:

Fotogalerie