Bioanalytické laboratoře – Omics Resources

Proteomika

• Ultra účinná kapalinová chromatografie ve spojení s hmotnostní spektrometrií (UHPLC-MS), zejména ve spojení s trojitým kvadrupólem (QQQ) – kvantitativní stanovení proteinů zánětu, např. C-reaktivní protein (CRP), α-1-antitrypsin (A1AT), sérový amyloid A (SAA) and α 1-kyselý glykoprotein (A1AG), včetně jejich specifických izoforem, adaptivních imunitních efektorů, např. IgA1, v různých biologických matricích např. krev, suchá krevní kapka.

Metabolomika

• UHPLC-MS – analýza biologicky aktivních látek v různých biologických matricích (např. stolice, krev, moč, plodová voda, suchá krevní kapka), analýza malých molekul energetického metabolismu (např. fumarát, laktát), metabolismu mastných kyselin a aminokyselin.

Mikrobiom

• Příprava 16S rRNA knihovny včetně experimentálního designu, DNA izolace, příprava amplikonu (V4 region) a sekvenování na přístroji Illumina MiSeq.
• Kontroly kvality jsou prováděny s použitím fluorimetru, real time PCR a kapilární elektroforézy
• Bioinformatické zpracování dat, statistická analýza a interpretace dat.

Genetická toxikologie/Epigenetika

• Metafer System 5 Scanning a Imaging Platform s SlideFieder x80 – stanovení modifikací a poškození DNA (DNA breaks, chromosomální aberace, výměna sesterských chromatidů) včetně genetické implikace (metylace DNA), stanovení citlivosti studovaného materiálu k poškození DNA (schopnost opravy DNA) v lidských, zvířecích a in vitro tkáňových systémech.

Toxikologie

• Endokrinní disrupce- potenciál ovlivnění aktivity hormonálních receptorů v řadě buněčných modelů in vitro. Sada metod zahrnuje účinky jako je (anti-) estrogenita (receptor ER), (anti-) androgenita (receptor AR), toxicita dioxinového typu (receptor AhR) či ovlivnění aktivity receptorů thyroidních hormonů (TR) a kyseliny retinové (RAR, RXR)
• Kultivace buněčných kultur včetně pokročilé 3D kultivace
• Analýza buněk v reálném čase – neinvazivní detekce viability buněk a jejich růstu
• Průtoková cytometrie
• Zobrazovací techniky - stereomikroscopie, transmitted-light a fluorescenční mikroskopie, robotizované mikroskopy s inkubátorem pro studium např. buněčné migrace, natáčení časosběrných videí
• Elektrochemické separační metody (agarózová elektroforéza, SDS PAGE)
• Imunochemická detekce biomarkerů (ELISA, Western blot)
• Detekce genové exprese pomocí kvantitativní real time PCR
• Studium mezibuněčné komunikace zprostředkované mezerovými spoji (GJIC)

Naši výzkumní pracovníci mají dlouhodobou zkušenost s předáváním svých znalostí v oblastech jejich výzkumu. Školení jsou vždy přizpůsobeny potřebám zákazníka, ale převážně jsou zaměřeny na přípravu vzorků, analýzu, seznámení s laboratorní technikou a interpretací dat. Školení je organizováno v laboratořích výzkumného centra RECETOX.

Veronika Vidová Vám z pozice vedoucí laboratoří poskytne potřebné informace k nabízeným metodám analýzy nebo konzultaci a naplánování vývoje metody potřebné analýzy.