Bioanalytické laboratoře – Omics Resources

Omics Resources je nová core facilita výzkumné infrastruktury RECETOX RI, která poskytuje analýzu vzorků validovanými analytickými metodami a také případný vývoj nových analytických protokolů dle požadavků partnera. Naši výzkumní pracovníci a zaškolený personál využívá nejmodernější technologie a špičkové laboratorní vybavení k vývoji analytických metod v oblasti proteomiky, metabolomiky, analýzy mikrobiomu, genetické toxikologie/epigenetiky a toxikologie, které jsou stěžejní ke studiu a porozumění vlivu expozomu na lidské zdraví. Naše core facilita úzce spolupracuje s ostatními divizemi v multidisciplinárním přístupu ke studované problematice.

Oblasti analýzy a vývoje

  • Proteomika – stanovení proteinů spojených se zánětem a imunitní odpovědí organismu
  • Metabolomika – profilování nízkomolekulárních intermediátů energetického metabolismu, metabolismu mastných kyselin nebo vybraných aminokyselin
  • Mikrobiom – charakterizace složení metodou 16S rRNA sekvenování
  • Genetická toxikologie/Epigenetika – stanovení vratných a nevratných poškození DNA způsobených vnějšími faktory
  • Toxikologie – stanovení markerů toxicity převážně v buněčných modelech savců.

Služby

Core facilita je vybavena následujícím vybavením a expertízou:

Analýzy a vybavení

Proteomika

  • Ultra účinná kapalinová chromatografie ve spojení s hmotnostní spektrometrií (UHPLC-MS), zejména ve spojení s trojitým kvadrupólem (QQQ) – kvantitativní stanovení proteinů zánětu, např. C-reaktivní protein (CRP), α-1-antitrypsin (A1AT), sérový amyloid A (SAA) and α 1-kyselý glykoprotein (A1AG), včetně jejich specifických izoforem, adaptivních imunitních efektorů, např. IgA1, v různých biologických matricích např. krev, suchá krevní kapka.

Metabolomika

  • UHPLC-MS – analýza biologicky aktivních látek v různých biologických matricích (např. stolice, krev, moč, plodová voda, suchá krevní kapka), analýza malých molekul energetického metabolismu (např. fumarát, laktát), metabolismu mastných kyselin a aminokyselin.

Mikrobiom

  • Příprava 16S rRNA knihovny včetně experimentálního designu, DNA izolace, příprava amplikonu (V4 region) a sekvenování na přístroji Illumina MiSeq.
  • Kontroly kvality jsou prováděny s použitím fluorimetru, real time PCR a kapilární elektroforézy
  • Bioinformatické zpracování dat, statistická analýza a interpretace dat.

Genetická toxikologie/Epigenetika

  • Metafer System 5 Scanning a Imaging Platform s SlideFieder x80 – stanovení modifikací a poškození DNA (DNA breaks, chromosomální aberace, výměna sesterských chromatidů) včetně genetické implikace (metylace DNA), stanovení citlivosti studovaného materiálu k poškození DNA (schopnost opravy DNA) v lidských, zvířecích a in vitro tkáňových systémech.

Toxikologie

  • Endokrinní disrupce- potenciál ovlivnění aktivity hormonálních receptorů v řadě buněčných modelů in vitro. Sada metod zahrnuje účinky jako je (anti-) estrogenita (receptor ER), (anti-) androgenita (receptor AR), toxicita dioxinového typu (receptor AhR) či ovlivnění aktivity receptorů thyroidních hormonů (TR) a kyseliny retinové (RAR, RXR)
  • Kultivace buněčných kultur včetně pokročilé 3D kultivace
  • Analýza buněk v reálném čase – neinvazivní detekce viability buněk a jejich růstu
  • Průtoková cytometrie
  • Zobrazovací techniky - stereomikroscopie, transmitted-light a fluorescenční mikroskopie, robotizované mikroskopy s inkubátorem pro studium např. buněčné migrace, natáčení časosběrných videí
  • Elektrochemické separační metody (agarózová elektroforéza, SDS PAGE)
  • Imunochemická detekce biomarkerů (ELISA, Western blot)
  • Detekce genové exprese pomocí kvantitativní real time PCR
  • Studium mezibuněčné komunikace zprostředkované mezerovými spoji (GJIC)

Školení

Naši výzkumní pracovníci mají dlouhodobou zkušenost s předáváním svých znalostí v oblastech jejich výzkumu. Školení jsou vždy přizpůsobeny potřebám zákazníka, ale převážně jsou zaměřeny na přípravu vzorků, analýzu, seznámení s laboratorní technikou a interpretací dat. Školení je organizováno v laboratořích výzkumného centra RECETOX.

Konzultace

Veronika Vidová Vám z pozice vedoucí laboratoří poskytne potřebné informace k nabízeným metodám analýzy nebo konzultaci a naplánování vývoje metody potřebné analýzy.

Přístup

Přístup k Laboratořím stopových analýz je možný pro akademické uživatele, výzkumníky i ostatní typy uživatelů, včetně zástupců komerční sféry a průmyslu. Uživatelé z akademické a výzkumné sféry mohou využít přístup prostřednictvím Open Access projektu. Průmysloví uživatelé mohou kontaktovat přímo RNDr. Petru Růžičkovou, Ph.D., která zodpoví otázky týkající se dostupných kapacit, expertíz a dalších podmínek spolupráce.

Kontakt

Pro vice informací prosím kontaktujte:

Mgr. Veronika Vidová, Ph.D.

vedoucí laboratoří

telefon: 549 49 6347
e‑mail:

Mgr. Veronika Vidová, Ph.D.

Vedoucí Omicsových laboratoří

e‑mail: