Dr. Eva Budinská
Integrativní bioinformatika a biostatistika
Dr. Eva Budinská je vedoucí skupiny Integrativní bioinformatika a biostatistika. Je bioinformatička a biostatistička s hlavním zaměřením na analýzu multimodálnych dát z omicsových experimentů (NGS, hmotnosní spektrometrie, mikročipy...). Její výzkum se zaměřuje zejména na vývoj metod a SW pro analýzu a integraci omicsových dat (genomika, transkriptomika, proteomika, metabolomika metagenomika, ...) a jejich aplikaci na detekci biomarkerů a generování hypotéz zejména v onkologii a exposomovýc studiích (např. Analýza metabolomových a mikrobiomových profilů dětí a matek ze studie CELSPAC, nebo analýza multimodálních profilů kolorektálního karcinomu).
Celkem publikovala 72 vědeckých článků s více než 1970 citacemi (h-index 19), aktuální informace lze najít na webu ResearcherID.
Dr. Budinská se účastní několika Evropských projektů (FP7 a H2020) a dvou národních prijektů (AZV a GAČR) jako PI.
Je vedoucí bakalářských, magisterských a doktorských prací a učí čtyři předměty: Analýza dat v R, Analýza sekvenačních dat, Analýza genomických a protoemických dat, Detekce biomarkerů z omicsových experimentů.
Vedoucí pracoviště
Docenti
Odborní asistenti
Odborní pracovníci
Neučitelští pracovníci
Publikace
-
An invasion front gene expression signature for higher-risk patient selection in stage IIA MSS colon cancer
Frontiers in Oncology, rok: 2024, ročník: 14, vydání: April 2024, DOI
-
High colonisation by probiotic Escherichia coli A0 34/86 strain is associated with a less diverse microbiome related to children’s age
Beneficial Microbes, rok: 2024, ročník: 15, vydání: 1, DOI
-
Impact of intrapartum antibiotic prophylaxis on the oral and fecal bacteriomes of children in the first week of life
Nature Scientific Reports, rok: 2024, ročník: 14, vydání: 1, DOI
-
16S rDNA sequencing analysis of low-abundance samples spiked with bacterial mock community
Rok: 2023, druh: Konferenční abstrakty
-
A Fecal MicroRNA Signature by Small RNA Sequencing Accurately Distinguishes Colorectal Cancers: Results From a Multicenter Study
Gastroenterology, rok: 2023, ročník: 165, vydání: 3, DOI
Projekty
-
Záchrana životů prostřednictvím výzkumu v oblasti včasné detekce a prevence rakoviny: Molekulární, genomické a sociální faktory (CZ.02.01.01/00/22_008/0004644)
Řešitel na MU: prof. RNDr. Jana Klánová, Ph.D. Fakulta / Pracoviště MU: Přírodovědecká fakulta Období řešení: 1/2024 — 6/2028Investor/Program: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR / OP JAK -
Discovering the causes of three poorly understood cancers in Europe (101096888)
Řešitel na MU: prof. RNDr. Jana Klánová, Ph.D. Fakulta / Pracoviště MU: Přírodovědecká fakulta Období řešení: 1/2023 — 12/2027Investor/Program: Evropská unie / Horizont Evropa -
Design of a Master Erasmus Mundus programme on Chemical Exposome and Human Health : from Research to Decision (101180102)
Řešitel na MU: prof. RNDr. Jakub Hofman, Ph.D. Fakulta / Pracoviště MU: Přírodovědecká fakulta Období řešení: 11/2024 — 1/2026Investor/Program: Evropská unie / Erasmus Mundus -
Výzkumná infrastruktura RECETOX (LM2023069)
Řešitel na MU: prof. RNDr. Jana Klánová, Ph.D. Fakulta / Pracoviště MU: Přírodovědecká fakulta Období řešení: 1/2023 — 12/2026Investor/Program: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR / Velké infrastruktury pro výzkum, vývoj a inovace -
A European-wide foundation to accelerate Data-driven Cancer Research (101058427)
Řešitel na MU: prof. RNDr. Jana Klánová, Ph.D. Fakulta / Pracoviště MU: Přírodovědecká fakulta Období řešení: 9/2022 — 2/2025Investor/Program: Evropská unie / Horizont Evropa
Další informace
Vedené práce
Obor: Bio-omika
Témata závěrečných prací (konzultant)
- The non-coding and coding RNA networks in the biology of B-cell leukemias and lymphomas – absolvent 2021
Obor: Environmentální chemie a toxikologie
Témata závěrečných prací (školitel)
- Mikrobiom u pacientů s kolorektálním karcinomem a u zdravých osob – probíhající studium
Témata závěrečných prací (konzultant)
- Mikrobiom prachu uvnitř budov a jeho vztah k nasopharyngeálnímu mikrobiomu člověka – probíhající studium
Obor: Experimentální onkologie a nádorová biologie
Témata závěrečných prací (školitel)
- Úloha mikrobiomu v heterogenitě kolorektálního karcinomu – probíhající studium
Výuka
Konzultační hodiny
Středa: 14:15-15:30Vyučované předměty
Jaro 2025 na Lékařské fakultě
Podzim 2024 na Lékařské fakultě
Jaro 2025 na Přírodovědecké fakultě
Podzim 2024 na Přírodovědecké fakultě
- Analysis of sequencing data
- Analýza dat v R
- Bakalářská práce z matematické biologie a biomedicíny I
- Bakalářská státní závěrečná zkouška z Matematické biologie a biomedicíny
- Detekce biomarkerů z omics experimentů
- Diplomová práce I
- Diplomová práce III
- Diplomová práce IV
- Experimentální onkologie
- Projekt z Matematické biologie a biomedicíny - biomedicínská bioinformatika
- Týmový projekt z Matematické biologie a biomedicíny – biomedicínská bioinformatika
- Úvod do matematické biologie a biomedicíny I