UMSA GALAXY
Nástroje Galaxy pro necílené analýzy.
Datové služby
Facilita "Datové služby" je složena z pěti spolupracujících součástí. Skupiny Informační systémy a CERIT SC vytváří systém, prostředí a podporu pro fungování výzkumné infrastruktury RECETOX a výzkumných skupin centra, a zajišťují komplexní management výzkumných dat a jejich interoperabilitu. Současně také zajišťují přístup do databází a informačních systémů, jako je např. GENASIS, který umožňuje společnou analýzu a vizualizaci dat o kontaminaci prostředí různých poskytovatelů. Další tři části infrastruktury naproti tomu poskytují uživatelům specifické služby a biostatistické a bioinformatické analýzy dat z existujících databází, ale i z nových experimentů či vlastních dat uživatelů, a to buď odděleně nebo v návaznosti na další služby či výzkumné aktivity cesta.
Facilita datové služby je složena z následujících jednotek:
- Informační systémy
- Zpracování a analýza spektrometrických dat
- CERIT SC
Infrastruktura poskytuje následující služby:
Informační systémy
Tato jednotka zajišťuje návrh, budování a provoz informační architektury výzkumné infrastruktury RECETOX. Zajišťuje fungování informačního systému GENASIS, GMP Data Warehouse a nebo například vývoj a fungování CELSPAC Admin systému umožňujícímu správu dat jednotlivých populačních studií.
Nástroje a portály
Zpracování a analýza spektrometrických dat
Vyvíjíme a spravujeme specializovaný nástroj Galaxy pro zpracování dat z hmotnostní spektrometrie s vysokým rozlišením (HRMS). Ve vývoji pipelines se zaměřujeme na analýzu chemických exposomových a metabolických datových sad. Galaxy je platforma umožňující práci s pokročilými nástroji pro analýzu dat podporující jejich reprodukovatelnost, dostupnost a otevřenost, a je hostována na infrastruktuře poskytované CERIT-SC.
CERIT-SC
CERIT SC poskytuje výzkumné infrastruktuře RECETOX RI technologickou podporu pro vývoj platforem pro správu dat, pipelines pro zpracování dat a pokročilé bioinformatické nástroje pro správu, integrační analýzu a prezentaci multidimenzionálních dat.