Jiří Damborský je Josef Loschmidt Chairprofesorem v oboru chemie a profesorem biochemie na Přírodovědecké fakultě Masarykovy univerzity a vedoucím výzkumného programu​ ve výzkumném centru RECETOX. Jeho výzkum se zaměřuje na proteinové inženýrství a translační medicínu. Výzkumný program vyvíjí nové koncepty a softwarové nástroje pro proteinové inženýrství (Caver, CaverDock, Caver Web, Hotspot Wizard, FireProt, Enzyme Miner, SoluProt) a predikci vlivu mutací na lidské zdraví (Predict SNP1, Predict SNP2, Predict SNP Onco). Skupina zkoumá molekulární mechanismy Alzheimerovy choroby a vyvíjí nové trombolytické léky pro léčbu akutní mrtvice.

Publikoval více než 200 originálních článků, 20 kapitol v odborných knihách a 6 mezinárodních patentů. Jeho práce byly citovány 5400krát s h-indexem 39. Absolvoval výzkumné pobyty v Center for Biosustainability(Dánsko), University of Washington (USA), Mezinárodním institutu molekulární a buněčné biologie (Polsko), Umea University (Švédsko), University of Michigan (USA), University of Groningen (Nizozemsko), University of Kent v Canterbury (UK), University of Tennessee (USA) a University of Utrecht (Nizozemsko).

Je spoluzakladatelem prvního biotechnologického spin-offu Masarykovy univerzity – Enantis Ltd. a informatického spin-offu CaverSoft s r.o. Mezi nejvýznamnější ocenění patří cena EMBO/HHMI  organizací European Molecular Biology Organization/Howard Hughes Medical Institute a cena Česká hlava, udělovaná vládou České republiky.

Podílí se na výuce předmětů Bioinformatika, Seminář přírodních věd, Letní škola proteinového inženýrství a Praktický seminář výpočetního návrhu enzymu. Je členem oborových rad doktorských studijních programů Chemie životního prostředí a Mikrobiologie.