Ondřej Mikeš působí jako junior PI ve skupině Hodnocení lidské expozice a rizik. Jeho expertízou je environmentální epidemiologie a hodnocení lidských rizik se zaměřením na dietární a inhalační expozice. V dřívějších projektech také pracoval na modelech hodnotících transport chemických látek v rostlinách, zvířatech a lidech. Nyní se zaměřuje na vyhodnocování epidemiologických dat s komplexním pohledem na vnější městské ale i vnitřní prostředí.

Ve své práci využívá mapový program GIS a epidemiologická hodnocení dat. Zaměřuje se také na komunikaci vědeckých poznatků širší veřejnosti a politikům. Je členem i spoluřešitelem několika mezinárodních projektů a pracovní skupiny WHO Collaboration of Local and Subnational Authorities. Podílel se na 15 publikacích s h-indexem 8.