Zdeněk Spáčil je držitelem dvojího doktorského titulu z oboru analytická chemie (2010) udělených Přírodovědeckou fakultou, Stockholmské univerzity (Švédsko), a Farmaceutickou fakultou Univerzity Karlovy v Praze. Pod vedením profesorů Turečka a Gelba pracoval jako post-doktorský výzkumník (2010-2012) a později vědecký pracovník (2014-2015) na University of Washington. V současné době je odborným asistentem na Masarykově univerzitě a vede nově založenou výzkumnou skupinu v Centru RECETOX. Zabývá se vývojem moderních analytických metod pro metabolomiku a cílenou proteomiku, které aplikuje při řešení projektů zaměřených na funkční charakterizací lidské střevní mikrobioty, Alzheimerovu nemoc a mapování Exposomu (tj. negenetických faktorů ovlivňujících lidské zdraví).

Má odborné znalosti v instrumentální analytické chemii (tj. hmotnostní spektrometrii, chromatografických separačních metodách) a klinické chemii. Podílel se na řešení projektů financovaných Národními zdravotnickými ústavy NIH/NIDDK (Univ. of Washington, Seattle, USA) a Granty nadace Billa a Melindy Gatesových (Institut for Systems Biology, Seattle, USA). V současné době je hlavním řešitelem několika projektů financovaných Grantovou agenturou České republiky (projekt GAČR č. 17-24592Y), Grantovou agenturou Masarykovy univerzity (projekt GAMU č. MUNI/G/1131/2017) a Agenturou pro zdravotnický výzkum České republiky (projekt AZV č. NV19-08-00472).

Publikoval 29 odborných textů v časopisech JCR-SCI s více než 700 citacemi (h-index = 15). Významně se podílel na přípravě 13 publikací (9 první autor; 6 odpovědný autor; 4 poslední autor) a je také spoluautorem čtyř patentových přihlášek.

Má bohaté zkušenosti s vedením Ph.D. studentů a postdoktorandů. V současné době je školitelem pěti postgraduálních studentů a vedoucím bakalářských a diplomových prací.