Zbyněk Prokop je profesor v Loschmidtových laboratořích na Přírodovědecké fakultě Masarykovy univerzity, kde vede výzkumnou skupinu zaměřenou na studium principů proteinové chemie, mechanismu a kinetiky enzymové katalýzy. Doktorát získal v oboru Chemie životního prostředí na Masarykově univerzitě. Svoji expertízu rozšířil během zahraničních pobytů na Universitě v Cambridge ve Velké Británii, Polytechnice ETH ve Švýcarském Curychu, Technické univerzitě ve Vídni a Universitě v Groningenu v Nizozemí.

Je spoluautorem více jak 90 článků v zahraničních impaktovaných časopisech (h-index 23), 5 kapitol v zahraničních knihách, 5 mezinárodních patentů, poskytl přes 20 vyžádaných přednášek na konferencích a univerzitách doma i v zahraničí. Mezi nejvýznamnější ocenění jeho práce patří Cena Wernera von Siemense za významný výsledek v oblasti vývoje a inovací v roce 2015, Cena Alfreda Badera za bioorganickou chemii v roce 2005 a Cena rektora MU za mimořádný tvůrčí čin v roce 2005.

Jeho současné aktivity směřují do oblasti vývoje enzymových technologií, aplikace pokročilých biofyzikálních metod pro strukturální a funkční studium proteinů a využití mikrofluidiky v přírodních a biomedicínských vědách. Je spoluzakladatelem společnosti Enantis s.r.o., biotechnologické spin-off společnosti Masarykovy univerzity působící v oblasti proteinové biotechnologie.

Vyučuje řadu kurzů, jako je molekulární biotechnologie, metody v biofyzikální chemii a proteinové inženýrství. Je členem doktorské komise v oboru environmentální chemie.