Aneta Žáčková: Od studia francouzštiny k bioinformatické analýze

Studentka RECETOXu Aneta Žáčková nejprve přemýšlela o studiu mezinárodních vztahů, nakonec se ale rozhodla pro studium oboru Matematické biologie a biomedicíny. Protože nastoupila do vysokoškolského studia v době covidové pandemie, hledala příležitost, jak by si své teoretické znalosti z online přednášek vyzkoušela v praxi. Ve druhém ročníku se proto zapojila do výzkumu, ve kterém se zabývala bioinformatickou analýzou genových mutací u pacientů s neurosvalovým onemocněním. Kódy a metody, na kterých se podílela, budou použity i v dalším výzkumu Fakultní nemocnice Brno.

31. 3. 2022 Marie Hošťálková

Proč právě studium Matematické biologie a biomedicíny? Jaká je tvoje specializace?

Ve třetím ročníku na gymnáziu jsem zjistila, že mě baví matematika a genetika, ačkoliv jsem si od začátku studia myslela, že jsou mojí silnou stránkou právě humanitní obory. Studovala jsem Gymnázium Matyáše Lercha tady v Brně a od prvního ročníku jsem směřovala na Fakultu sociálních studií, obor Mezinárodní vztahy. Nakonec mi to ale nedalo a k přihlášce na FSS jsem přidala i tu na RECETOX, obor Matematická biologie a biomedicína. Studijní obor jsem si našla sama. Hledala jsem, co Masarykova univerzita nabízí a co by zahrnovalo právě matematiku a biologii.

Specializaci jsme si museli zvolit hned u přijímaček na vysokou školu. Hodně jsem si o studijním oboru načetla, prošla si jednotlivé předměty bakalářského studia, a proto jsem si vybrala specializaci Biomedicínská bioinformatika, která je mi celkově bližší a myslím, že to byla dobrá volba.

Vím, že se už během bakalářského studia věnuješ výzkumu. Je pro bakalářské studenty Matematické biologie a biomedicíny praxe povinná?

Praxe v rámci bakalářského studia povinná není, ale už od prvního ročníku mě zajímalo, jak můžu prakticky uplatnit teoretické znalosti ze studia. V prvním ročníku začala covidová pandemie a vše bylo najednou online. Bez setkávání se spolužáky a učiteli mi o to více vrtalo hlavou, jak se studijní předměty budou propojovat a jestli tomu tak vůbec bude. Obrátila jsem se na lékaře pracujícího na Disponezární onkologické ambulanci u sv. Anny, FNUSA_UCRC, a zeptala jsem se, jestli neví o někom, kdo se věnuje bioinformatice nebo analýze dat. Za několik dní se mi ozvala paní doktorka Réblová, která pracuje jako bioinformatik ve FN Brno a zároveň na CEITECu MUNI ve skupině Lékařská genomika. Na našem prvním setkání mi vysvětlila projekt, nad kterým delší dobu přemýšlí a chtěla by jej zkusit zrealizovat. Společně jsme se tedy pustily do práce, i když mě paní doktorka předem upozornila, že jde pouze o nápad a je možné, že nic zajímavého nenajdeme. Nakonec to ale dopadlo skvěle a na téma projektu zpracovávám bakalářskou práci, kterou mi i paní doktorka Réblová vede. Jsem moc vděčná, že mě paní doktorka do projektu přizvala a že se od ní můžu učit.

Čeho se projekt týká?

Zabýváme se pacienty s různými neurosvalovými onemocněními. To je jedna z největších skupin monogenních dědičných onemocnění, tedy onemocnění, která způsobí jediná mutace v genetické informaci člověka. Centrum molekulární biologie a genetiky pod FN Brno nám poskytlo sekvence pacientů, kteří mají příznaky některého z těchto onemocnění, ale v jejich genetické informaci nebyla nalezena známá příčina a neví se tedy, čím je konkrétně u nich způsobeno. My se díváme na to, jestli není možné, že tito pacienti nenesou příčinu svého onemocnění v jediné mutaci, ale až v kombinaci více takových. Nejprve bylo potřeba provést bioinformatickou analýzu a vůbec detekovat u každého pacienta mutace, které nese. Následně jsme pomocí kódů, které jsme psaly v Pythonu a Bashi, tvořily všechny možné kombinace dvou mutací, které pacienti nesou. V jedné fázi jsme tak pro každého z nich měly soubor s 1 250 000 000 řádky, který byl velký asi 40 GB. Naše kódy a metody, které jsme v této práci používaly, budeme dále aplikovat i v jinému výzkumu zaměřeném na pacienty s autoimunitní hemolytickou anémií.

Jak šlo skloubit praxi a školu?

V době distanční výuky šlo skloubit obojí velmi dobře – měla jsem čas se věnovat škole i výzkumu. Pracovala jsem převážně z domova a s paní doktorkou jsme konzultovaly online. Jako výzkumník propojuji teoretické znalosti ze školy s praktickým projektem, a protože mě to opravdu baví, nepřipadá mi, že bych dělala něco extra. Navíc jsem teď ve třetím ročníku a díky tomuto projektu jsem už v druháku pracovala na své bakalářce. Během podzimního semestru třetího ročníku, kdy se většina lidí teprve seznamuje s tématem, jsem už měla víc jak půlku bakalářky napsané.

Co ti praxe dala do studia?

Díky výzkumu, do kterého jsem se zapojila, si umím reálně představit svoji budoucí práci a motivuje mě to i při studiu. Uvědomuji si, že jsem ale měla velké štěstí, že jsem se k tak zajímavému projektu dostala. Určitě jsem ale musela vyjít ze své komfortní zóny, když jsem se rozhodla zeptat se na možnost „vyzkoušet“ si svůj studijní obor v praxi. Díky praxi vím, že i když jednotlivé předměty v prváku nemusí dávat smysl a student neví, proč je studuje, vše se prolíná a každý ze studovaných předmětů má svůj účel.

A co do budoucna? Budeš pokračovat na magisterském studiu?

Ráda bych pokračovala na magisterské dále. Opravdu chci ve svém oboru zůstat.

A co doktorské?

Nejprve musím zvládnout bakalářské. Smích. V prváku mi to přišlo naprosto nereálné, ale když teď už vím, že chci zůstat ve vědě a výzkumu, nevylučuji ani doktorát. Musím to ale brát postupně. Smích.

A co děláš ve svém volném čase?

Od studia na gymnáziu hraji frankofonní divadlo. Jsem členem absolventského souboru Gymnázia Matyáše Lercha. Vždy se jednou za měsíc setkáme a celý víkend zkoušíme. Na střední jsem studovala intenzivně francouzštinu a takto zůstávám s jazykem v kontaktu. Navíc parta lidí kolem divadla je skvělá a je to vždycky velká zábava.

Anet, děkuji za tak příjemný rozhovor. 


Více článků

Přehled všech článků

Používáte starou verzi internetového prohlížeče. Doporučujeme aktualizovat Váš prohlížeč na nejnovější verzi.

Další info