Výzkum si kladl za cíl popsat rozdíly v osídlení dutiny ústní a střeva bakteriemi v prvních dnech po porodu u novorozenců v závislosti na tom, zda byli vystaveni účinku antibiotik během porodu. Antibiotika se běžně používají během porodu k ochraně matky před rizikem infekcí, zejména při císařském řezu a při předčasné ruptuře plodových obalů. Používány jsou ale i pokud je matka na konci těhotenství pozitivně testovaná na streptokoky skupiny B (GBS), neboť tyto bakterie patří mezi patogeny vyvolávající infekci u novorozence jako je sepse, pneumonie, meningitida apod.

Jak již bylo řečeno, rozmanitost a zastoupení mikroorganismů a to, co produkují, hraje klíčovou roli v mnoha procesech, včetně vývoje imunitního systému. Právě proto je důležité pochopit, jak různé faktory, se kterými se setkáváme v dětství, ovlivňují tuto kolonizaci. Podávání antibiotik během porodu, v ČR poměrně časté, je významným expozičním faktorem mimo jiné také proto, že v posledních desetiletích došlo k dramatickému nárůstu počtu císařských řezů po celém světě. Zatímco v roce 1990 byla globální míra císařských řezů přibližně 7 %, do roku 2021 vzrostla na 21 %. Dalším faktorem je vysoká prevalence pozitivně testovaných žen na GBS během těhotenství, která dosahuje přibližně 18 % celosvětově. Ačkoliv je ochrana ženy a dítěte v období porodu a narození prioritní, je potřeba zvážit i následnou prevenci následků podání antibiotik při porodu, a to například suplementací vhodných probiotik dítěti, na což není vždy pamatováno.

Prvním krokem k porozumění roli přítomných faktorů, jako například podaná antibiotika, je přesně charakterizovat změny v mikrobiotě. To umožňují pokročilé sekvenační metody, které se v posledních letech staly mnohem dostupnější. "Sekvenování nám umožňuje podrobně analyzovat mikrobiální genetickou informaci ve vzorcích a odhalit v nich tak relativní zastoupení bakterií, mikroskopických hub a virů. Tento proces začíná tím, že ze vzorků, jako jsou stolice nebo stěry sliznice dutiny ústní, získáme DNA. Tu pak pomocí sekvenačních technologií takzvaně přečteme a určíme pomocí databází taxonomické zařazení mikroorganizmů. Následně probíhá statistická analýza dat a jejich interpretace," vysvětluje hlavní autorka studie Eliška Pivrncová.

Výsledky studie ukázaly, že v dutině ústní novorozence se vliv antibiotik během porodu projevuje v prvních 48 hodinách, následně jsou rozdíly mezi novorozenci porozenými bez antibiotické clony a s ní potlačeny, což může být dáno rychlou kolonizací této lokalizace v prvních dnech života. U první stolice, tzv. mekonia neboli smolky, nebyly zaznamenány změny v rozmanitosti bakteriomu nebo zastoupení bakteriálních rodů mezi těmito skupinami novorozenců. V přechodné stolici, tedy stolici vyloučené většinou po 48 hodinách od porodu, už byl vliv antibiotik podávaných během porodu na zastoupení některých bakteriálních rodů pozorován. "Otázkou zůstává, za jak dlouho či zda vůbec rozdíly v bakteriomu stolice mezi novorozenci porozenými pod antibiotickou clonou a bez ní vymizí. To bychom rádi zkoumali v navazující studii," dodává vedoucí výzkumného týmu Petra Bořilová Linhartová.

Tento výzkum je výsledkem spolupráce mezi výzkumnými skupinami populačních studií a Laboratořemi analýzy mikrobiomu Výzkumné infrastruktury RECETOX a porodnicemi v Brně, kde se nabírá kohorta CELSPAC: TNG. Jedná se o jedinečný projekt Masarykovy univerzity, který dlouhodobě zkoumá a hledá příčiny chronických onemocnění a poruch vývoje dítěte.

Tato studie byla podpořena výzkumnou infrastrukturou RECETOX (ID LM2023069) a projektem CETOCOEN EXCELLENCE (č. CZ.02.1.01/0.0/0.0/17_043/0009632) financovaným Ministerstvem školství, mládeže a tělovýchovy za podpory zázemí. Tato práce byla provedena s podporou Ministerstva zdravotnictví České republiky (FNBr, 65269705). Výpočetní zdroje byly poskytnuty projektem „e-Infrastruktura CZ“ (e-INFRA CZ LM2018140) podporovaným Ministerstvem školství, mládeže a tělovýchovy. Tato práce byla podpořena z výzkumného a inovačního programu Evropské unie Horizon 2020 v rámci grantové dohody č. 857560 a z programu Horizon Europe v rámci grantové dohody č. 101136566.

Vyšlo ve Scientific Reports.