Laboratoře analýzy mikrobiomu (MGL) a analýzy omických dat

Laboratoře analýzy mikrobiomu (MGL) a analýzy omických dat je specializované výzkumné pracoviště, které poskytuje zázemí, odbornou podporu a vlastní analýzy mikrobiálních komunit v různých biologických systémech. MGL nabízí řadu služeb, včetně zpracování vzorků, extrakce NA, přípravy sekvenační knihovny a dalších molekulárně biologických analýz (genotypizace polymorfizmů, analýza genová exprese, ELISA atd.).
Core facilita zaměstnává odborníky v molekulární biologii, genetice a mikrobiology, kteří spolupracují s výzkumníky na navrhování experimentů generujících vysoce kvalitní mikrobiomová data. Pracovníci jsou zběhlí v široké škále technik analýzy mikrobiomu, včetně sekvenování genů pro 16S a ITS rRNA, celometagenomového sekvenování a analýzy cílových mikrobiálních druhů nebo genů. MGL také poskytuje podporu při odběru a zpracování vzorků, včetně optimalizace protokolů k odběrům vzorků a zajištění kontrol kvality při tomto procesu.
Díky řešení excelentních národních a mezinárodních projektů se v MGL podílíme na prohlubování našeho chápání mikrobiálních společenství, která obývají různé ekosystémy, včetně lidského těla, zvířat, modelů (organoidy, biofilmy) a vzorků životního prostředí (půda, voda, prach atd.). Poskytováním odborné podpory a zdrojů pomáhá core facilita výzkumníkům analyzovat mikrobiální data, identifikovat mikrobiální komunity a porozumět jejich roli v různých biologických systémech. V konečném důsledku může tato práce vést k nahlédnutí do prevence a léčby různých nemocí a ke zlepšení postupů environmentálního managementu.

Služby

MGL poskytuje interním i externím zákazníkům nejmodernější infrastrukturu, odbornou podporu a servis pro širokou škálu genomických aplikací. Jedná se o novou core facilitu výzkumné infrastruktury RECETOX, která se primárně zaměřuje na analýzu mikrobiálního genomu v environmentálních, zvířecích a lidských vzorcích, jsme však schopni provést i genomickou analýzu lidské DNA a RNA. Naši zkušení odborníci používají ověřené a standardizované postupy pro izolaci DNA, analýzu qPCR a přípravu sekvenační knihovny, včetně všech nezbytných kontrolních kroků. V rámci našeho týmu úzce spolupracujeme se specialisty v biomedicínské bioinformatice a biostatistice.
Naše laboratoře jsou plně vybaveny, disponujeme molekulárně biologickými laboratořemi (laminární flowboxy, termocyklery, zařízení pro gelovou elektroforézu, UV-Vis spektrofotometry, zobrazovací systémy, centrifugy a další), stejně jako mikrobiologickou laboratoří (inkubátor, mikroskop atd.). Máme přímý přístup k systémům Real Time PCR v centru RECETOX; naše laboratoř spolupracuje se sekvenačními základními zařízeními, která disponují technologiemi NGS (zařízení Illumina NovaSeq atd.), ale můžeme využít i sekvenátory Illumina NextSeq a MiSeq a Bioanalyzer nebo TapeStation na Masarykově univerzitě.

Core facilita je vybavena následujícím vybavením a expertízou:

Laboratorní analýzy

Analýzy mikrobiomu

  • izolace NA z mikrobiálních kultur, environmentálních, zvířecích a lidských vzorků
  • příprava knihovny pro 16S/ITS rRNA amplikonové sekvenování* pro analýzu bakteriomů/mykobiomu v matricích s vysokým/nízkým množstvím mikrobiální DNA
  • příprava knihovny pro sekvenační analýzu bakteriálních/houbových kultur (sekvenování celého genomu, WGS)*
  • příprava knihovny pro metagenomické sekvenování Shotgun (sekvenování celého metagenomu, WMGS)*
  • detekce DNA zvybraných ústních a střevních bakterií a jejich kvantifikace DNA metodou qPCR (single/multiplex qPCR analýza)
  • vývoj specifického plexu dle přání zákazníka Analýzy lidského/zvířecího genomu/transkriptomu/proteinů
  • SNP genotypizace metodami založenými na PCR - analýza genové exprese metodami založenými na PCR - single/multiplex ELISA

* Poznámka. Výsledkem analýz jsou soubory FastQ. 

Analýza dat

Zpracování zdrojových dat (pre-procesing, normalizace…) z omicsových analýz k jejich interpretaci z meta/genomických, transkriptomických a epigenomických experimentů. Core facilita se zaměřuje na aplikovanou analýzu dat a vývoj metod.

Konzultace

Petra Bořilová Linhartová Vám může poskytnout konzultace k designu experimentu, analýze a interpretaci dat, dále Vám dá potřebné informace k nabízeným metodám analýzy nebo konzultaci k naplánování vývoje nové metody.

Stáže

Naši odborníci mají dlouhodobou zkušenost s předáváním svých znalostí v oblastech jejich výzkumu. Školení jsou přizpůsobena potřebám zákazníka, převážně jsou zaměřena na přípravu vzorků, analýzu, seznámení s laboratorní technikou a interpretací dat. Školení je organizováno v laboratořích výzkumného centra RECETOX.

Přístup

Přístup do laboratoří je umožněn akademickým uživatelům a výzkumným pracovníkům, včetně zástupců komerční sféry a průmyslu. Akademičtí uživatelé a výzkumní pracovníci mají přístup prostřednictvím projektu Open Access. Žádost o přístup je k dispozici na adrese: https://openaccess.recetox.cz/. Průmysloví uživatelé se mohou obrátit přímo na koordinátorku výzkumné infrastruktury RECETOX RNDr. Petru Růžičkovou, Ph.D. (openaccess@recetox.muni.cz), která zodpoví dotazy ohledně dostupných kapacit, expertízy a dalších podmínek spolupráce.

RECETOX Open Access system

Kontakt

Pro vice informací prosím kontaktujte doc. Petru Bořilovou Linhartovou. 

Lidé

Mgr. Petra Brenerová, Ph.D.

Manažerka laboratoře


Petra pracuje na RECETOX RI jako manažerka laboratoře, specializuje se na analýzu mikrobiomu reprodukčního traktu a analýzu genové exprese. Je absolventkou oboru Biochemie na PřF MU, dříve pracovala jako výzkumnice na oddělení farmakologie a toxikologie, Výzkumného ústavu v.v.i., Brno. Na klinice reprodukční medicícny v Brně získala zkušenosti v oboru Embryologie a později pracovala jako manažerka logistiky reprodukčních buněk po celém světě.

Mgr. Pavla Holochová, Ph.D.

Odborná pracovnice


Pavla pracuje na RECETOX RI jako specialistka na molekulární metody, věnuje se analýze mikrobiomu v klinických vzorcích, metodice qPCR, vývoji nových metodik a jejich zavádění na pracoviště. Je absolventkou oboru Molekulární a buněčná biologie na PřF MU. Dříve pracovala jako vědecká pracovnice a kurátorka sbírky mikroorganismů na pracovišti České sbírky mikroorganismů, kde se podílela na taxonomické identifikaci bakteriálních kultur molekulárními metodami, převážně sekvenováním. Pět let byla zaměstnána jako poradce v oblasti ochrany proti biologickým zbraním pro Armádu ČR.

Mgr. Kateřina Navrátilová

Technička laboratoře


Kačka pracuje na RECETOX jako technička Laboratoří analýzy mikrobiomu. Má na starosti běžný chod laboratoří a zároveň se také podílí na analýze mikrobiomu klinických a enviromentálních vzorků a qPCR analýze. Je absolventkou magisterského oboru Molekulární a buněčná biologie na přírodovědecké fakultě Univerzity Palackého v Olomouci. Laboratorní zkušenosti získala prací na Ústavu experimentální botaniky AV ČR. Praxi získala také ve Fakultní nemocnici v Olomouci a to na Ústavu klinické a molekulární patologie a následně na Ústavu lékařské genetiky.

Mgr. Hana Al Kirbiová

Technička laboratoře


Hanka pracuje na RECETOX jako technička Laboratoří analýzy mikrobiomu. Má na starosti každodenní chod laboratoře a podílí se na analýze mikrobiomu pomocí molekulárně biologických metod. Vystudovala obor Molekulární biologie a genetika na Přírodovědecké fakultě Masarykovy univerzity v Brně. Svoji bakalářskou i diplomovou práci vypracovala ve Výzkumném ústavu veterinárního lékařství v Brně, kde se zabývala virovou rezistencí. Poté pracovala v soukromé firmě zabývající se laboratorní diagnostikou, kde se podílela na vývoji Microblot-Array kitů.

Mgr. Karolína Elísková

Technička laboratoře


Kája pracuje na RECETOXu jako technička Laboratoří analýzy mikrobiomu. Zajišťuje každodenní chod laboratoře a podílí se na analýze mikrobiomu klinických a environmentálních vzorků, včetně qPCR analýz. Vystudovala magisterský obor Bioanalytická laboratorní diagnostika ve zdravotnictví – Lékařská genetika a molekulární diagnostika na Přírodovědecké fakultě Masarykovy univerzity v Brně. Odborné zkušenosti získala během působení na Oddělení buněčné biologie a epigenetiky Biofyzikálního ústavu AV ČR a na Ústavu patologie Fakultní nemocnice Brno.

Ing. Vojtěch Bartoň

Bioinformatik


Vojta pracuje na RECETOX RI jako bioinformatik. Specializuje se na zpracování sekvenačních dat. Je absolventem programu Biomedicínské inženýrství a bioinformatika na VUT Brno a v oboru bioinformatiky pracuje na své doktorské práci. Kromě analýzy dat se věnuje i vývoji nových metod, výuce a vedení studentů. Zavádí a udržuje pipeliny pro zpracování experimentů a jejich vyhodnocení. Udržuje sadu nástrojů pro bioinformatiku a umožňuje hladký chod analýz v prostředí gridového počítání tak, aby byla zaručena reproducibilita výsledků.

Mgr. Jan Böhm

Biostatistik


Honza pracuje na RECETOX jako biostatistik. Vystudoval statistiku a analýzu dat na PřF MU a na RECETOX pokračuje v doktorském studiu v oboru Environmental Health Sciences. U projektu bývá na jeho úplném začátku, kdy pracuje na jeho designu, a pak na jeho konci, kdy vyhodnocuje získaná data, testuje hypotézy, vytváří tabulky, obrázky a reporty. Honza je specialista na vizualizace vědeckých dat. Kromě toho je také zapojen do výuky Matematické biologie.

Mgr. Barbora Zwinsová, Ph.D.

Datová analytička


Bára působí jako datová analytička na RECETOX RI. Díky studiu Matematické biologie s přesahem do bioinformatiky dokáže efektivně propojit obě klíčové oblasti datové analýzy. V rámci projektů se podílí na návrhu experimentálního designu, doporučuje vhodné analytické postupy a zajišťuje kompletní bioinformatické a biostatistické zpracování dat, včetně jejich vizualizace a přípravy souhrnných reportů. Díky svému jedinečnému mezioborovému backgroundu se aktivně zapojuje také do interpretace výsledků z biologického a medicínského hlediska. Kromě analýzy dat se věnuje výuce a vedení studentů v programech Životní prostředí a zdraví a Matematická biologie.

Mgr. Barbora Halaštová

Datová analytička


Bára je datová analytička v RECETOX RI. Vystudovala matematiku na Přírodobědecké fakultě Masarykovy univerzity. V rámci práce v týmu pro výzkum mikrobiomu se věnuje analýze již bioinformaticky předzpracovaných dat, vizualizaci výsledků a testování předem definovaných hypotéz. Kromě toho také pomáhá při výuce a konzultuje se studenty zpracování jejich závěrečných prací.

Vladimíra Vraná

Administrátorka


Vlaďka pracuje jako administrátorka skupin Laboratoří analýzy mikrobiomu a Environmentální genomiky. Jejím úkolem je především objednávání materiálu pro laboratoře, evidence čerpání finančních prostředků, přehled publikačních výstupů obou skupin a celková administrativní podpora týmu.

Bez popisku

doc. RNDr. Petra Bořilová Linhartová, Ph.D., MBA

Vedoucí výzkumné skupiny Environmentální genomika a Laboratoří analýzy mikrobiomu a analýzy omických dat

telefon: 775 393 703
e‑mail:

Fotogalerie

Skupina žen v fialových zdravotnických uniformách stojí v řadě v nemocniční chodbě.
Bez popisku
Bez popisku
Bez popisku

Používáte starou verzi internetového prohlížeče. Doporučujeme aktualizovat Váš prohlížeč na nejnovější verzi.

Další info