Laboratoře analýzy mikrobiomu (MGL) a analýzy omických dat je specializované výzkumné pracoviště, které poskytuje zázemí, odbornou podporu a vlastní analýzy mikrobiálních komunit v různých biologických systémech. MGL nabízí řadu služeb, včetně zpracování vzorků, extrakce NA, přípravy sekvenační knihovny a dalších molekulárně biologických analýz (genotypizace polymorfizmů, analýza genová exprese, ELISA atd.).
Core facilita zaměstnává odborníky v molekulární biologii, genetice a mikrobiology, kteří spolupracují s výzkumníky na navrhování experimentů generujících vysoce kvalitní mikrobiomová data. Pracovníci jsou zběhlí v široké škále technik analýzy mikrobiomu, včetně sekvenování genů pro 16S a ITS rRNA, celometagenomového sekvenování a analýzy cílových mikrobiálních druhů nebo genů. MGL také poskytuje podporu při odběru a zpracování vzorků, včetně optimalizace protokolů k odběrům vzorků a zajištění kontrol kvality při tomto procesu.
Díky řešení excelentních národních a mezinárodních projektů se v MGL podílíme na prohlubování našeho chápání mikrobiálních společenství, která obývají různé ekosystémy, včetně lidského těla, zvířat, modelů (organoidy, biofilmy) a vzorků životního prostředí (půda, voda, prach atd.). Poskytováním odborné podpory a zdrojů pomáhá core facilita výzkumníkům analyzovat mikrobiální data, identifikovat mikrobiální komunity a porozumět jejich roli v různých biologických systémech. V konečném důsledku může tato práce vést k nahlédnutí do prevence a léčby různých nemocí a ke zlepšení postupů environmentálního managementu.
MGL poskytuje interním i externím zákazníkům nejmodernější infrastrukturu, odbornou podporu a servis pro širokou škálu genomických aplikací. Jedná se o novou core facilitu výzkumné infrastruktury RECETOX, která se primárně zaměřuje na analýzu mikrobiálního genomu v environmentálních, zvířecích a lidských vzorcích, jsme však schopni provést i genomickou analýzu lidské DNA a RNA. Naši zkušení odborníci používají ověřené a standardizované postupy pro izolaci DNA, analýzu qPCR a přípravu sekvenační knihovny, včetně všech nezbytných kontrolních kroků. V rámci našeho týmu úzce spolupracujeme se specialisty v biomedicínské bioinformatice a biostatistice.
Naše laboratoře jsou plně vybaveny, disponujeme molekulárně biologickými laboratořemi (laminární flowboxy, termocyklery, zařízení pro gelovou elektroforézu, UV-Vis spektrofotometry, zobrazovací systémy, centrifugy a další), stejně jako mikrobiologickou laboratoří (inkubátor, mikroskop atd.). Máme přímý přístup k systémům Real Time PCR v centru RECETOX; naše laboratoř spolupracuje se sekvenačními základními zařízeními, která disponují technologiemi NGS (zařízení Illumina NovaSeq atd.), ale můžeme využít i sekvenátory Illumina NextSeq a MiSeq a Bioanalyzer nebo TapeStation na Masarykově univerzitě.
Core facilita je vybavena následujícím vybavením a expertízou:
Analýzy mikrobiomu
* Poznámka. Výsledkem analýz jsou soubory FastQ.
Zpracování zdrojových dat (pre-procesing, normalizace…) z omicsových analýz k jejich interpretaci z meta/genomických, transkriptomických a epigenomických experimentů. Core facilita se zaměřuje na aplikovanou analýzu dat a vývoj metod.
Petra Bořilová Linhartová Vám může poskytnout konzultace k designu experimentu, analýze a interpretaci dat, dále Vám dá potřebné informace k nabízeným metodám analýzy nebo konzultaci k naplánování vývoje nové metody.
Naši odborníci mají dlouhodobou zkušenost s předáváním svých znalostí v oblastech jejich výzkumu. Školení jsou přizpůsobena potřebám zákazníka, převážně jsou zaměřena na přípravu vzorků, analýzu, seznámení s laboratorní technikou a interpretací dat. Školení je organizováno v laboratořích výzkumného centra RECETOX.
Přístup do laboratoří je umožněn akademickým uživatelům a výzkumným pracovníkům, včetně zástupců komerční sféry a průmyslu. Akademičtí uživatelé a výzkumní pracovníci mají přístup prostřednictvím projektu Open Access. Žádost o přístup je k dispozici na adrese: https://openaccess.recetox.cz/. Průmysloví uživatelé se mohou obrátit přímo na koordinátorku výzkumné infrastruktury RECETOX RNDr. Petru Růžičkovou, Ph.D. (openaccess@recetox.muni.cz), která zodpoví dotazy ohledně dostupných kapacit, expertízy a dalších podmínek spolupráce.
Pro vice informací prosím kontaktujte doc. Petru Bořilovou Linhartovou.
vedoucí výzkumné skupiny Environmentální genomika a Laboratoří analýzy mikrobiomu a analýzy omických dat
| telefon: | 775 393 703 |
|---|---|
| e‑mail: |
|
| www: | https://www.recetox.muni.cz/vyzkum/lide/doc-petra-borilova-linhartova |
Manažerka laboratoře
Petra pracuje na RECETOX RI jako manažerka laboratoře, specializuje se na analýzu mikrobiomu reprodukčního traktu a analýzu genové exprese. Je absolventkou oboru Biochemie na PřF MU, dříve pracovala jako výzkumnice na oddělení farmakologie a toxikologie, Výzkumného ústavu v.v.i., Brno. Na klinice reprodukční medicícny v Brně získala zkušenosti v oboru Embryologie a později pracovala jako manažerka logistiky reprodukčních buněk po celém světě.
Odborná pracovnice
Pavla pracuje na RECETOX RI jako specialistka na molekulární metody, věnuje se analýze mikrobiomu v klinických vzorcích, metodice qPCR, vývoji nových metodik a jejich zavádění na pracoviště. Je absolventkou oboru Molekulární a buněčná biologie na PřF MU. Dříve pracovala jako vědecká pracovnice a kurátorka sbírky mikroorganismů na pracovišti České sbírky mikroorganismů, kde se podílela na taxonomické identifikaci bakteriálních kultur molekulárními metodami, převážně sekvenováním. Pět let byla zaměstnána jako poradce v oblasti ochrany proti biologickým zbraním pro Armádu ČR.
Technička laboratoře
Kačka pracuje na RECETOX jako technička Laboratoří analýzy mikrobiomu. Má na starosti běžný chod laboratoří a zároveň se také podílí na analýze mikrobiomu klinických a enviromentálních vzorků a qPCR analýze. Je absolventkou magisterského oboru Molekulární a buněčná biologie na přírodovědecké fakultě Univerzity Palackého v Olomouci. Laboratorní zkušenosti získala prací na Ústavu experimentální botaniky AV ČR. Praxi získala také ve Fakultní nemocnici v Olomouci a to na Ústavu klinické a molekulární patologie a následně na Ústavu lékařské genetiky.
Technička laboratoře
Hanka pracuje na RECETOX jako technička Laboratoří analýzy mikrobiomu. Má na starosti každodenní chod laboratoře a podílí se na analýze mikrobiomu pomocí molekulárně biologických metod. Vystudovala obor Molekulární biologie a genetika na Přírodovědecké fakultě Masarykovy univerzity v Brně. Svoji bakalářskou i diplomovou práci vypracovala ve Výzkumném ústavu veterinárního lékařství v Brně, kde se zabývala virovou rezistencí. Poté pracovala v soukromé firmě zabývající se laboratorní diagnostikou, kde se podílela na vývoji Microblot-Array kitů.
Technička laboratoře
Kája pracuje na RECETOXu jako technička Laboratoří analýzy mikrobiomu. Zajišťuje každodenní chod laboratoře a podílí se na analýze mikrobiomu klinických a environmentálních vzorků, včetně qPCR analýz. Vystudovala magisterský obor Bioanalytická laboratorní diagnostika ve zdravotnictví – Lékařská genetika a molekulární diagnostika na Přírodovědecké fakultě Masarykovy univerzity v Brně. Odborné zkušenosti získala během působení na Oddělení buněčné biologie a epigenetiky Biofyzikálního ústavu AV ČR a na Ústavu patologie Fakultní nemocnice Brno.
Bioinformatik
Vojta pracuje na RECETOX RI jako bioinformatik. Specializuje se na zpracování sekvenačních dat. Je absolventem programu Biomedicínské inženýrství a bioinformatika na VUT Brno a v oboru bioinformatiky pracuje na své doktorské práci. Kromě analýzy dat se věnuje i vývoji nových metod, výuce a vedení studentů. Zavádí a udržuje pipeliny pro zpracování experimentů a jejich vyhodnocení. Udržuje sadu nástrojů pro bioinformatiku a umožňuje hladký chod analýz v prostředí gridového počítání tak, aby byla zaručena reproducibilita výsledků.
Biostatistik
Honza pracuje na RECETOX jako biostatistik. Vystudoval statistiku a analýzu dat na PřF MU a na RECETOX pokračuje v doktorském studiu v oboru Environmental Health Sciences. U projektu bývá na jeho úplném začátku, kdy pracuje na jeho designu, a pak na jeho konci, kdy vyhodnocuje získaná data, testuje hypotézy, vytváří tabulky, obrázky a reporty. Honza je specialista na vizualizace vědeckých dat. Kromě toho je také zapojen do výuky Matematické biologie.
Datová analytička
Bára působí jako datová analytička na RECETOX RI. Díky studiu Matematické biologie s přesahem do bioinformatiky dokáže efektivně propojit obě klíčové oblasti datové analýzy. V rámci projektů se podílí na návrhu experimentálního designu, doporučuje vhodné analytické postupy a zajišťuje kompletní bioinformatické a biostatistické zpracování dat, včetně jejich vizualizace a přípravy souhrnných reportů. Díky svému jedinečnému mezioborovému backgroundu se aktivně zapojuje také do interpretace výsledků z biologického a medicínského hlediska. Kromě analýzy dat se věnuje výuce a vedení studentů v programech Životní prostředí a zdraví a Matematická biologie.
Datová analytička
Bára je datová analytička v RECETOX RI. Vystudovala matematiku na Přírodobědecké fakultě Masarykovy univerzity. V rámci práce v týmu pro výzkum mikrobiomu se věnuje analýze již bioinformaticky předzpracovaných dat, vizualizaci výsledků a testování předem definovaných hypotéz. Kromě toho také pomáhá při výuce a konzultuje se studenty zpracování jejich závěrečných prací.
Administrátorka
Vlaďka pracuje jako administrátorka skupin Laboratoří analýzy mikrobiomu a Environmentální genomiky. Jejím úkolem je především objednávání materiálu pro laboratoře, evidence čerpání finančních prostředků, přehled publikačních výstupů obou skupin a celková administrativní podpora týmu.
Externí konzultant - data analytička
Vedoucí výzkumné skupiny Environmentální genomika a Laboratoří analýzy mikrobiomu a analýzy omických dat
| telefon: | 775 393 703 |
|---|---|
| e‑mail: |
|
