Laboratoře analýzy mikrobiomu

Laboratoře analýzy mikrobiomu jsou nová core facilita výzkumné infrastruktury RECETOX RI, která poskytuje analýzu bakteriálního profilu pomocí stále se modernizujích metod dle nejnovějších poznatků. Laboratoř má zkušenosti zejména se zpracováváním humánních vzorků typických pro výzkum mikrobiomu jako jsou stolice a bukální stěry, tak i s méně typickými jako jsou např. stěr z nosohltanu a mekonium. Zaměřujeme se i na vzorky environmentální, kde se zaměřujeme především na analýza mikrobiomu prachu, ale i vody nebo půdy. Zkušení odborníci v našich laboratořích používají ověřené a standardizované postupy pro izolaci DNA, přípravu knihoven a samotnou sekvenaci a to včetně všech nezbytných kontrolních kroků. Naše core facilita úzce spolupracuje s ostatními divizemi v multidisciplinárním přístupu ke studované problematice.

Služby

Core facilita je vybavena následujícím vybavením a expertízou:

Analýzy a vybavení

Mikrobiom

      • Příprava knihovny genu pro 16S rRNA včetně experimentálního designu, DNA izolace, přípravamplikonů (V4 region) a sekvenování na přístroji Illumina MiSeq. 
      • Příprava knihovny ITS genu včetně experimentálního designu, DNA izolace, přípravamplikonů a sekvenování na přístroji Illumina MiSeq. 
      • Příprava knihovny pro celometagenomové sekvenování včetně experimentálního designu, DNA izolace, přípravy knihovny pomocí Nextera DNA Flex Library Prep (Illumina) a sekvenování na přístroji Illumina NextSeq. 

Kontroly kvality jsou prováděny s použitím fluorimetru, real time PCR a kapilární elektroforézy. Výstupem analýz jsou soubory FastQ, a zpracování dat dle domluvy možné realizovat ve spolupráci se specializovanou core facilitou

Školení

Naši výzkumní pracovníci mají dlouhodobou zkušenost s předáváním svých znalostí v oblastech jejich výzkumu. Školení jsou vždy přizpůsobeny potřebám zákazníka, ale převážně jsou zaměřeny na přípravu vzorků, analýzu, seznámení s laboratorní technikou a interpretací dat. Školení je organizováno v laboratořích výzkumného centra RECETOX.

Konzultace

Petra Vídeňská Vám jako vedoucí laboratoří poskytne potřebné informace k nabízeným metodám analýzy nebo konzultaci a naplánování vývoje metody potřebné analýzy.

Přístup

Přístup k Laboratořím stopových analýz je možný pro akademické uživatele, výzkumníky i ostatní typy uživatelů, včetně zástupců komerční sféry a průmyslu. Uživatelé z akademické a výzkumné sféry mohou využít přístup prostřednictvím Open Access projektu. Průmysloví uživatelé mohou kontaktovat přímo RNDr. Petru Růžičkovou, Ph.D., která zodpoví otázky týkající se dostupných kapacit, expertíz a dalších podmínek spolupráce.

Kontakt

Pro vice informací prosím kontaktujte:

Mgr. Petra Vídeňská, Ph.D.

Vedoucí laboratoře


telefon: 549 49 8248
e‑mail:

Mgr. Petra Vídeňská, Ph.D.

Vedoucí Laboratoře analýzy mikrobiomu

e‑mail:

Používáte starou verzi internetového prohlížeče. Doporučujeme aktualizovat Váš prohlížeč na nejnovější verzi.

Další info