Laboratoře analýzy mikrobiomu

Laboratoře analýzy mikrobiomu (MGL) je specializované výzkumné pracoviště, které poskytuje zázemí, odbornou podporu a vlastní analýzy mikrobiálních komunit v různých biologických systémech. MGL nabízí řadu služeb, včetně zpracování vzorků, extrakce NA, přípravy sekvenační knihovny a dalších molekulárně biologických analýz (genotypizace polymorfizmů, analýza genové exprese, ELISA atd.).
Core facilita zaměstnává odborníky v molekulární biologii, genetice a mikrobiology, kteří spolupracují s výzkumníky na navrhování experimentů generujících vysoce kvalitní mikrobiomová data. Pracovníci jsou zběhlí v široké škále technik analýzy mikrobiomu, včetně sekvenování genů pro 16S a ITS rRNA, celometagenomového sekvenování a analýzy cílových mikrobiálních druhů nebo genů. MGL také poskytuje podporu při odběru a zpracování vzorků, včetně optimalizace protokolů k odběrům vzorků a zajištění kontrol kvality při tomto procesu.
Díky řešení excelentních národních a mezinárodních projektů se v MGL podílíme na prohlubování našeho chápání mikrobiálních společenství, která obývají různé ekosystémy, včetně lidského těla, zvířat, modelů (organoidy, biofilmy) a vzorků životního prostředí (půda, voda, prach atd.). Poskytováním odborné podpory a zdrojů pomáhá core facilita výzkumníkům analyzovat mikrobiální data, identifikovat mikrobiální komunity a porozumět jejich roli v různých biologických systémech. V konečném důsledku může tato práce vést k nahlédnutí do prevence a léčby různých nemocí a ke zlepšení postupů environmentálního managementu.

Služby

MGL poskytuje interním i externím zákazníkům nejmodernější infrastrukturu, odbornou podporu a servis pro širokou škálu genomických aplikací. Jedná se o novou core facilitu výzkumné infrastruktury RECETOX, která se primárně zaměřuje na analýzu mikrobiálního genomu v environmentálních, zvířecích a lidských vzorcích, jsme však schopni provést i genomickou analýzu lidské DNA a RNA. Naši zkušení odborníci používají ověřené a standardizované postupy pro izolaci DNA, analýzu qPCR a přípravu sekvenační knihovny, včetně všech nezbytných kontrolních kroků. Naše pracoviště úzce spolupracuje se specialisty v biomedicínské bioinformatice a biostatistice.
Naše laboratoře jsou plně vybaveny, disponujeme molekulárně biologickými laboratořemi (laminární flowboxy, termocyklery, zařízení pro gelovou elektroforézu, UV-Vis spektrofotometry, zobrazovací systémy, centrifugy a další), stejně jako mikrobiologickou laboratoří (inkubátor, mikroskop atd.). Máme přímý přístup k systémům Real Time PCR v centru RECETOX; naše laboratoř spolupracuje se sekvenačními základními zařízeními, která disponují technologiemi NGS (zařízení Illumina NovaSeq atd.), ale můžeme využít i sekvenátory Illumina NextSeq a MiSeq a Bioanalyzer nebo TapeStation na Masarykově univerzitě.

Core facilita je vybavena následujícím vybavením a expertízou:

Laboratorní analýzy

Analýzy mikrobiomu

  • izolace NA z mikrobiálních kultur, environmentálních, zvířecích a lidských vzorků
  • příprava knihovny pro 16S/ITS rRNA amplikonové sekvenování* pro analýzu bakteriomů/mykobiomu v matricích s vysokým/nízkým množstvím mikrobiální DNA
  • příprava knihovny pro sekvenační analýzu bakteriálních/houbových kultur (sekvenování celého genomu, WGS)*
  • příprava knihovny pro metagenomické sekvenování Shotgun (sekvenování celého metagenomu, WMGS)*
  • detekce DNA zvybraných ústních a střevních bakterií a jejich kvantifikace DNA metodou qPCR (single/multiplex qPCR analýza)
  • vývoj specifického plexu dle přání zákazníka Analýzy lidského/zvířecího genomu/transkriptomu/proteinů
  • SNP genotypizace metodami založenými na PCR - analýza genové exprese metodami založenými na PCR - single/multiplex ELISA

* Poznámka. Výsledkem analýz jsou soubory FastQ - zpracování a analýza dat může být realizována ve spolupráci se specializovanými core facilitami

Konzultace

Petra Bořilová Linhartová Vám může poskytnout konzultace k designu experimentu, analýze a interpretaci dat, dále Vám dá potřebné informace k nabízeným metodám analýzy nebo konzultaci k naplánování vývoje nové metody.

Stáže

Naše pracovnice mají dlouhodobou zkušenost s předáváním svých znalostí v oblastech jejich výzkumu. Školení jsou přizpůsobena potřebám zákazníka, převážně jsou zaměřena na přípravu vzorků, analýzu, seznámení s laboratorní technikou a interpretací dat. Školení je organizováno v laboratořích výzkumného centra RECETOX.

Přístup

Přístup k Laboratořím analýzy mikrobiomu je možný pro akademické uživatele, výzkumníky i ostatní typy uživatelů, včetně zástupců komerční sféry a průmyslu. Uživatelé z akademické a výzkumné sféry mohou využít přístup prostřednictvím Open Access projektu. Podání žádosti o přístup probíhá na adrese: https://openaccess.recetox.cz/. Průmysloví uživatelé mohou kontaktovat přímo koordinátorku výzkumné infrastruktury RECETOX RNDr. Petru Růžičkovou, Ph.D., (openaccess@recetox.muni.cz), která zodpoví otázky týkající se dostupných kapacit, expertíz a dalších podmínek spolupráce.

Kontakt

Pro vice informací prosím kontaktujte doc. Petru Bořilovou Linhartovou. 

Lidé

Mgr. Petra Brenerová, Ph.D.

Manažerka laboratoře


Petra pracuje na RECETOX RI jako manažerka laboratoře, specializuje se na analýzu mikrobiomu reprodukčního traktu a analýzu genové exprese. Je absolventkou oboru Biochemie na PřF MU, dříve pracovala jako výzkumnice na oddělení farmakologie a toxikologie, Výzkumného ústavu v.v.i., Brno. Na klinice reprodukční medicícny v Brně získala zkušenosti v oboru Embryologie a později pracovala jako manažerka logistiky reprodukčních buněk po celém světě.

Mgr. Pavla Holochová, Ph.D.

Odborná pracovnice


Pavla pracuje na RECETOX RI jako specialistka na molekulární metody, věnuje se analýze mikrobiomu v klinických vzorků, metodice qPCR, vývoji nových metodik a jejich zavádění na pracoviště. Je absolventkou oboru Molekulární a buněčná biologie na PřF MU. Dříve pracoval jako vědecká pracovnice a kurátorka sbírky mikroorganismů na pracovišti České sbírky mikroorganismů, kde se podílela na taxonomické identifikaci bakteriálních kultur molekulárními metodami, převážně sekvenováním. Pět let byla zaměstnána jako poradce v oblasti ochrany proti biologickým zbraním pro Armádu ČR.

Mgr. Jana Vrzalová

Technička laboratoře


Jana pracuje na RECETOX RI jako technička laboratoří analýzy mikrobiomu. Má na starosti běžný chod laboratoří a podílí se na analýze mikrobiomu klinických a environmentálních vzorků a rovněž qPCR. Je absolventkou PřF na OSU. Dříve pracovala jako hodnotitel bezpečnosti veterinárních léčiv v rámci národních a mezinárodních registračních procedur na Ústavu pro státní kontrolu veterinárních biopreparátů a léčiv v Brně. Laboratorní zkušenosti následně získala ve dvou soukromých farmaceutických společnostech, kde kontrolovala mikrobiální čistotu léčiv a sterilitu chemoterapeutik pro léčbu onkologických onemocnění.

Mgr. Terezie Slámová

Administrátorka


Terezka na RECETOX pracuje na administrativní pozici, podílí se také na laboratorních analýzách mikrobiomu a rezistomu. Je magisterskou studentkou Biochemie na PřF MU a v rámci své diplomové práce se zabývá studiem rezistomu u hospitalizovaných pacientů s inhalačním traumatem.

Bez popisku

doc. RNDr. Petra Bořilová Linhartová, Ph.D., MBA

Vedoucí pracoviště Laboratoře analýzy mikrobiomu a Environmentální genomika

telefon: 775 393 703
e‑mail:

Fotogalerie

Bez popisku
Bez popisku
Bez popisku
Bez popisku

Používáte starou verzi internetového prohlížeče. Doporučujeme aktualizovat Váš prohlížeč na nejnovější verzi.

Další info